1．核心步骤当然是mdrun了，当然后续的数据分析才是对理论水平的要求，先不讨论。这里需要一个tpr输入文件——由grompp生成的计算体系和计算控制详细信息的二进制文件。计算生成trr轨迹文件、xtc压缩的轨道文件、edr能量等状态参量记录文件、log计算记录等。后续处理靠这些输出文件和 gmx提供的命令。
2．grompp预处理文件，将三种文件整合到一个tpr文件作为mdrun的输入。分别是：
       a．mdp文件：计算控制文件，里面要给md模拟时的计算参数加以描述，控制时间、精度、温度什么的。
       b．gro文件：分子坐标文件，记录要模拟的体系中全部（要计算的）原子的坐标、名称等。
       c．top文件：力场参数文件。记录gro文件中的原子之间相互作用立场参数和原子分子类别信息的文件。
3．mdp文件一般可以看手册根据需要自己填写，或者看模版。
4．gro、top文件，用editconf加周期边界元胞，genbox加溶剂。那么最初的gro、top文件如何得到呢？
       a．如果是从网站上直接当下来的pdb文件，用pdb2gmx转化。（有时需要先去掉里面的水，有时需要加-ignh不考虑多余的氢，有时需要加一些离子（genion）来平衡蛋白质上的电荷）
       b．要是还要加入自己的分子，比如在MS什么的软件中先画了一个，存成pdb文件，这时不能直接转，因为残基gmx不认识，立场库里面没有描述，需要自己写top文件。不过这很累，还要自己计算，又不会，怎么办呢，网上推荐用ProDrg软件（只找到网络版的网址google一下就有），把pdb文件 copy进去，run一下就出来gro，和itp文件了（还有其他的一坨，用不到）。把自己gro文件里的内容copy到转出来的gro里，总原子数和序号改一下，再把itp文件include到老top文件中，[ molecules ] 标签下面添上加入的分子名和数，就可以grompp了。

具体的命令用法和文件格式就看手册吧，写得是相当的详细。网上相关的介绍例子也很多很清楚，尤其是那个氩气的。

在gromacs中使用Amber力场
由于种种原因，Gromacs中没有直接包含Amber力场。
参考 http://folding.stanford.edu/ffamber/ 的介绍，下面给出在gromacs中使用Amber力场的方法：

Install FF:
1.下载力场 ：
http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1.tar.gz
(490 kB)
http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1-doc.tar.gz
(6.54 MB)带文献例子
2.解压缩
3.把aminoacides.dat、vdwradii.dat拷到top文件夹下覆盖，实际上一股脑考过去就完了。
4.子文件夹下的东西都拷到外面，也就是top里面。
5.修改FF.dat,修改第一行的数字，加上新添的力场数。
6.为每个新的力场增加新行，如：
     ffamber94 AMBER94 Cornell protein/nucleic forcefield
     ffamber99 AMBER99 Wang protein/nucleic acid forcefield
     ffamber99p AMBER99p protein/nucleic forcefield
     ffamber03 AMBER03 Duan protein/nucleic forcefield

Edit PDB:
1.DNA残基名改成DA、DT、DC、DG，分子为A、B。
2.所有的(*)字符换成(')。
3.端基的残基名改为DX5/DX3,或NXXX/CXXX。
4.DT中：O2->O
5.DT中：C5M->C7
6.DT中：H5M->H7
7.DC中：O2->O
8.比较麻烦:两个等位的H，形如nHX,->HXn
9.蛋白质的话，LYS->LYP

残基中的原子修改方法是将标准的DNA文件和gromacs里Amber的rtp文件逐一比较得到的，希望会对这方面的研究者有所帮助。